La Ruta 41, es la continuación de la Ruta 40 y al cruzarla nos llevará a Ciudad Orquídea (Cianwood City), a lo largo de la ruta, veremos 4 islas,  las cuales se llaman Islas Remolino, estas islas son muy misteriosas y guardan un secreto legendario, además de que se caracterizan por tener en la entrada un remolino que impide la entrada a la misma. Nos dirigiremos hacia el lado izquierdo de la Ruta para llegar a Ciudad Orquídea, a lo largo de este transcurso nos toparemos con varios entrenadores. Entrenador Equipo Pokémon Nadador Swimmer Shellder Nv. 18 Tentacool Nv. 19 Tentacruel Nv. 19 - - - Nadadora Swimmer Goldeen Nv. 18 Goldeen Nv. 20 Seaking Nv. 20 - - - Nadador Swimmer Krabby Nv. 23 - - - - - Nadadora Swimmer Staryu Nv. 20 Starmie Nv. 20 - - - - Nadador Swimmer Gyarados Nv. 20 Gyarados Nv. 20 - - - - Nadadora Swimmer Seel Nv. 22 - - - - - Nadador Swimmer Qwilfish Nv. 23 - - - - - Nadadora Swimmer Horsea Nv. 21 Horsea Nv. 21 - - - - Finalmente después de pasar la ultima Isla Remolino veremos finalmente la orilla de Ciudad Orquídea.