Cuando entremos al edificio de la Liga Johto, lo primero que debemos hacer en recuperar en el Centro Pokémon que hay en la izquierda, después deberemos comprar algunos objetos útiles para nuestro desafío como Cura Total, Hiper Pociones, Restaura Todo y Revivir. Si aún no te sientes preparado puedes ir a entrenar a tus Pokémon a la Calle Victoria y hacerlos más fuertes. Si ya te sientes estas preparado vamos a dirigirnos hacia el camino de arriba, ahí encontraremos a un guardia, al hablar con el nos permitirá el paso y ahora sólo deberemos entrar por la puerta para llegar con el primer Alto Mando. El primer miembro del Alto mando, es Mento (Will), el utiliza Pokémon de tipo Psíquico, así que lo mejor sería que utilizaras a un Pokémon de tipo Siniestro para derrotarlo o Pokémon que tengan ataques tipo Siniestro como Triturar (Cruch). Ya que además los Pokémon que tiene en el equipo son de segundo tipo variado (Agua, Volador, Planta, Hielo) y llevar un Pokémon o ataques tipo Siniestro será lo mejor para derrotarle sin dificultad o puedes llevar a un Pokémon Eléctrico y a uno de Fuego. Alto Mando Equipo Pokémon Mento Will Xatu Nv. 40 Jynx Nv. 41 Exeggutor Nv. 41 Slowbro Nv. 41 Xatu Nv. 43 - Cuando derrotemos a Mento, se nos permitirá avanzar y llegar al segundo miembro del Alto Mando: Koga. Koga, tiene Pokémon del Tipo Veneno y Bicho en su equipo, por lo que al llevar Pokémon de Tipo Psíquico y Fuego o alguno con ataques de ese tipo hará que lo derrotemos rápidamente. Alto Mando Equipo Pokémon Koga Ariados Nv. 40 Venomoth Nv. 41 Forretress Nv. 43 Muk Nv. 42 Crobat Nv. 44 - Después de vencer a Koga, podremos enfrentarnos al tercer miembro del Alto Mando, Bruno. Este Alto Mando utiliza Pokémon de Tipo Lucha en su Equipo, y sólo uno del tipo Roca que es Onix, así que si llevamos Pokémon de Tipo Psíquico o Volador, o alguno con ataques de esos tipos será fácil derrotar a los del tipo Lucha, y para Onix, nada mejor que un Pokémon tipo Agua. Alto Mando Equipo Pokémon Bruno Hitmontop Nv. 42 Hitmonlee Nv. 42 Hitmonchan Nv. 42 Onix Nv. 43 Machamp Nv. 46 - Cuando derrotemos a Bruno, se nos permitirá llegar y desafiar al último Alto Mando, Karen. Karen utiliza Pokémon de Tipo Siniestro. En este caso, lo mejor será hacerle frente con Pokémon de tipo Lucha, Tierra, o Psíquico, o por lo menos con ataques de ese tipo, de lo contrario nos resultará un poco difícil derrotarla. Alto Mando Equipo Pokémon Karen Umbreon Nv. 47 Vileplume Nv. 49 Gengar Nv. 47 Murkrow Nv. 47 Houndoom Nv. 50 - Después de vencer a Karen habremos derrotado al Alto Mando, pero aún tendremos un desafío más, tenemos que enfrentar al Campeón de la Liga Pokémon. Al avanzar nos daremos cuenta que es Lance, al mismo que ayudamos en Pueblo Caoba a detener al Equipo Rocket. Debemos tener cuidado ya que es un oponente realmente difícil y vencerlo no será nada fácil. Lance aparentemente utiliza Pokémon de tipo Dragón, pero sólo tres Pokémon de su equipo lo son (Dragonite), para ellos tendremos que utilizar ataques de tipo Hielo o Dragón, si entrenamos al Gyarados Rojo aquí nos será de gran ayuda puesto que conoce ataques del tipo Dragón. Los otros tres Pokémon de su Equipo son Gyarados, Charizard y Aerodactyl, a Gyarados podremos derrotarle fácilmente si usamos a un Pokémon de tipo Eléctrico, mientras que Charizard y Aerodactyl caerán rápido al enfrentar a un Pokémon de tipo Agua. Alto Mando Equipo Pokémon Campeón Lance Gyarados Nv. 46 Dragonite Nv. 49 Dragonite Nv. 49 Aerodactyl Nv. 48 Charizard Nv. 48 Dragonite Nv. 50 Cuando derrotemos a Lance, este se alegrará por que a nacido un nuevo Campeón e ira hacia arriba para abrir las puertas del Salón de la Fama. En eso llegará la conductora de la Radio Pokémon Rosa y el Profesor Oak para felicitarnos, Rosa querrá hacernos una entrevista para su programa de Radio, pero Lance lo impedirá y lo seguiremos para entrar al Salón de la Fama. Al entrar al Salón de la Fama, Lance nos felicitará nuevamente por el gran logro que acabamos de hacer, después nos dejará para que registremos a nuestros Pokémon como campeones de la Liga Pokémon en una máquina especial. Después de registrarnos en el Salón de la Fama, el juego habrá terminado y comenzarán a aparecer los créditos de las personas que elaboraron el juego.